Nella prima sezione del Museo sono rappresentati i mammiferi, sono esposti circa 200 esemplari. L’etichetta didattica riporta, per ogni esemplare, la classificazione, la diffusione, le abitudini, la riproduzione, il cibo. Lungo la parete di sinistra, sei vetrine ospitano circa 300 specie di uccelli; anche qui ogni esemplare è corredato di indicazioni circa la diffusione, le abitudini, il grido, la nidificazione, il cibo. Interessante è la coppia di Gallo cedrone. Notevole un Galletto peruviano, in via di estinzione, e una Palamedea fedele.
Di seguito, in cinque vetrine, è esposta la collezione entomologica, con farfalle esotiche (150 specie) e italiane (300 specie), insetti esotici e italiani (600 specie). Interessanti alcune scatole dedicate al mimetismo degli insetti. Di rilievo entomologico raccolte complete di cerambicidi, carabidi e farfalle diurne italiane.
Chiudono la parete sinistra quattro vetrine con rettili, anfibi e pesci. Anche qui, ogni esemplare è accompagnato dalla sua etichetta con indicazioni didattiche.

Vista su vetrine a carattere zoologico con mammiferi ed uccelli.

Una vetrina antomologica con collezione di lepidotteri. A dx: il coleottero più grande del mondo, il Tithanus giganteus della Gujana Francese, che può superare i 15cm di lunghezza!.

La parete destra è riservata ai minerali e alle rocce. Aprono la serie due vetrine didattiche. Le seguenti otto vetrine contengono campioni di minerali, divisi nelle otto classi. Ogni campione è accompagnato da un cartellino riportante: nome, etimologia, formula chimica, composizione chimica, sistema cristallino, durezza, peso specifico, uso, provenienza.
Gli esemplari esposti sono circa un migliaio. Notevoli per dimensione, bellezza e importanza, un gruppo di cristalli di fluorite di Zogno (20 cm il lato dei cristalli), una drusa di Vanadinite del Marocco, fluorite di Cumberland, siderite & pirite e bismutinite di Brosso, quarzo di Cavallaria. Uno spettacolare cristallo di piropo di Martiniana Po (CN).
Chiudono la parete tre vetrine dedicate alle rocce. Sono esposti 200 esemplari didatticamente presentati (tipo, caratteristiche, formazione, provenienza, uso), distinti nei tre tipi: eruttive, metamorfiche, sedimentarie. La vetrina conclusiva riguarda la formazione del suolo (pedogenesi) con una presentazione indirizzata specificatamente agli scolari.

Una delle varie vetrine dedicate ai minerali. Sopra: un prezioso campione di Rodocrosite del Colorado.

Al centro del museo, in una vetrina cilindrica, divisa in due semicilindri da un camminamento, sono esposti i principali ecosistemi con esemplari di fauna e di flora. Gli ambienti ricostruiti sono la montagna e le valli, il bosco, la palude, il giardino. Tra gli esemplari presenti: aquila, biancone, marmotta, lepre, civetta, gufo, falco, gheppio, poiana, lodolaio, sparviero, pernice, gazza, gallo forcello, coturnice, palmipedi e diversi esemplari di trampolieri, cicogna, pavone, donnola, ermellino, camoscio, scoiattolo, faina, martora, volpe, tasso.

Particolare delle vetrine dedicate agli ecosistemi.

Le vetrine lungo le pareti sono intervallate da 7 vetrinette monotematiche che ospitano oggetti dell'era neolitica (dal Lago di Ledro) e incisioni rupestri camune di Capodiponte (BS), modellini in scala di dinosauri, l’apparato boccale degli insetti (perfetti modelli ingranditi, in resina), la dentatura mammiferi (modelli in resina), esempi di geodi (ametista), di minerali fluorescenti, di cristallo di Piropo di Martiniana. Sopra le vetrinette, grafici a torta didattici rappresentano la suddivisione del Regno animale, degli Invertebrati, degli Artropodi, dei Minerali, delle Rocce. La parte superiore di tutte le vetrine laterali è corredata da diafanìe didattiche con la presentazione dei reperti esposti nelle vetrine sottostanti.

Non manca nel Museo una sezione con gli "scherzi di natura" un vitellino a sei zampe, di cinque giorni di razza pezzata, esempio di mostruosità morfologica e una doppia testa di vitello (nato con due teste: razza piemontese, 1940 circa), un pollo e un pulcino a tre zampe. Arricchisce il museo un completo scheletro di pitone per­fettamente e minuziosamente ricostruito in tutte le sue 360 vertebre, e un bradipo portato in Italia dall’Amazzo­nia e tenuto in cattività qualche anno a Lom­briasco. Nell’allestimento del Museo è stato curato in modo particolare l’aspetto didattico. È la raccolta di una scuola, e se anche sono ammessi visitatori esterni, è pur sempre finalizzata alla formazione scientifica degli allievi.

Nella zona centrale del Museo, ai due lati estremi, sono disposte sei vetrine riguardanti la biologia marina, i fossili e, dalla parte opposta, sei vetrine contenenti esemplari vegetali provenienti della collezione Gresino (licheni, muschi, alghe, funghi, erbario morfologico). L’insieme più cospicuo dell’erbario è conservato in magazzino.

Esemplari micologici ed un erbario proveniente della collezione Gresino.

La collezione di biologia marina consta di tre vetrine di malacologia (con 600 specie di conchiglie) ed una vetrina sulla vita del mare.

Sopra: una delle vetrine dedicate alla malacologia. A dx: particolare della famiglia dei Conidi.

Alcuni spledidi echinodermi dei mari tropicali.

Una vetrina dedicata ai pesci delle barriere coralline. Da sx: pesce "balestra" (Balistes carolinensis) ed un pesce "palla" (Ephippion maculatum). Ha fianco: particolare delle temibili mandibole del pesce "balestra".

I fossili sono contenuti in due vetrine con 300 esemplari esposti. Sulle pareti minori della sala giganteggiano due pannelli murali, rappresentanti rispettivamente le ere geologiche e l'evoluzione e i cinque regni dei viventi. Su colonne è collocata una serie di pannelli che illustrano le fasi principali della deriva dei continenti e della formazione geologica dell'Italia. È presente anche un pannello murale sull’evoluzione e sistematica degli invertebrati.